Если вас вдруг спросят («Вы же профессионалы, объясните, почему так а не эдак. Мне кажется, моя идея круче!»), почему стоит подчёркивать ссылки, не теряйтесь. На это есть причины.
1. Подчёркивание заметно и его трудно спутать с другими способами оформления текста.
Например, на устройствах с монохромными дисплеями (e-ink читалки или специальные устройства) выделение ссылки цветом будет малозаметно.
2. Если граничат две ссылки из нескольких слов, то в случае с подчёркиванием всегда видно, где заканчивается одна ссылка и начинается другая.
При клике по подчёркнутой ссылке пользователь ожидает перехода на другую страницу. Не будем забывать, что в наши дни в сети появляется множество приложений, где клик по ссылке динамически обновит содержимое страницы. И такие ссылки будут отличаться от псевдоссылок тем, что визуально для пользователя произошёл переход на новую страницу, однако, если он нажмёт на кнопку «назад» в браузере, то перейдёт в предыдущий раздел, а не вернёт исходное состояние текущего.
Кстати, речь идёт о ссылках в тексте. Меню навигации по сайту может быть оформлено каким-нибудь альтернативным способом.
Ещё про ссылки можно почитать в ководстве Лебедева.
Подробнее о теме можно почитать здесь.